Das Thema Desktop Virtualisierung nimmt in der heutigen IT-Welt immer mehr an Bedeutung zu, doch bringt diese Methode auch Nachteile mit sich. Während bei einem lokal betriebenen PC bei einem Ausfall nur dieser betroffen ist, betrifft ein Ausfall des Servers, auf dem die Virtualisierung läuft, alle im Unternehmen vorhandenen Desktops. Somit ist ein Weiterarbeiten für keinen User mehr möglich.
Die Verwendung von Desktop Virtualisierung auf Laptops bringt einige Schwierigkeiten bei der Umsetzung mit sich, deshalb werden Laptops weiterhin zum größten Teil noch lokal betrieben.
Ein weiterer Nachteil von Desktop Virtualisierung ist, dass meist über Thin-Client-Protokolle auf die virtuellen PCs zugegriffen werden muss, diese können den Zugriff verlangsamen und eine schlechtere Qualität am Bildschirm wird dargestellt.