Die meisten User kennen diese schwierige Entscheidung bereits vom Betriebssystem. Ob man sich schlussendlich für Windows oder Linux entscheidet, hängt ausschließlich vom persönlichen Geschmack ab. Genauso kann man bei einem VServer wählen, welches Betriebssystem laufen soll. Zu allererst sollte man daran denken, dass Windows und der dazugehörige Server etwas kosten. Bei Linux inklusive Apache, der Serversoftware, fallen diese Kosten weg. Dementsprechend müssen die Webhoster bei einem VServer mit Windows als Betriebssystem auch deutlich höhere Kosten ansetzen. In der Regel lässt sich sagen, dass windowsbasierende Systeme immer teurer sind, als selbige von Linux. Dies hat womöglich auch mit dem Bekannt- und Beliebtheitsgrad von Windows zu tun.
Hinzu kommt noch, dass bei Windows die Server deutlich mehr belastet werden. Bei Linux hingegen ist die Auslastung der Server nicht so hoch. Wer sich für einen VServer mit Linux Oberfläche entscheidet, sollte allerdings beachten, dass die Handhabung eine ganz andere ist, wie bei einem Windows Betriebssystem. Wenn man also bislang keinerlei Erfahrungen mit Linux sammeln konnte, muss man damit rechnen, dass man zunächst eine Phase der Eingewöhnung benötigt. Die niedrigeren Kosten bei einem Linux Server könnten also eventuell mit längeren Lernzeiten verbunden sein.
Dadurch spart man zwar Geld, benötigt aber eine Menge Zeit. Weiß man also nicht einmal genau, wie die Oberfläche bei Linux aussieht, sollte man trotz der höheren Kosten ein Windows Betriebssystem wählen. Alleine um die Grundkenntnisse von Linux anzulernen, geht eine gute Woche drauf. Bis man vollkommen mit dem Betriebssystem Linux vertraut ist, können sogar mehrere Monate vergehen. Die Frage, ob man sich nun für einen VServer Windows oder Linux entscheiden sollte, ist also rein von den Vorkenntnissen und dem Geschmack des Users abhängig.
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